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Stage Master 2 de Bio-informatique (ann?e universitaire 2017-2018) Paris France,  

CEPHB (company)


Posted on : 01 September 2017

Project Description


Sujet: Identification et stratification quantitative des aberrations chromosomiques r?currentes dans diff?rents types de cancers humains par aCNViewer ? partir de donn?es publiques

Les cancers humains peuvent ?tre caract?ris?s par diff?rents niveaux d'instabilit?s g?nomiques o? des chromosomes (partiels ou entiers) peuvent subir de fa?on r?currente un r?arrangement, une d?l?tion ou une amplification pouvant d?pendre du type, du stade ou du grade des tumeurs. Ces aberrations chromosomiques ont ?t? longuement caract?ris?es pendant pr?s de 50 ans par diff?rentes m?thodes qui sont devenues de plus en plus r?solutives, incluant la cytog?n?tique, l'hybridation g?nomique comparative (CGH), le g?notypage haut d?bit de SNPs et plus r?cemment le s?quen?age de 2?me g?n?ration (NGS). Si le CGH ne permet que l'identification des variations relatives du nombre de copies des chromosomes (CNVs), le g?notypage haut d?bit et le NGS permettent de d?terminer le nombre absolu de CNVs ainsi que les ?v?nements neutres de perte d'h?t?rozygotie (cn-LOH). L'identification de ces ?v?nements est rendu possible par le biais de diff?rents algorithmes pouvant pr?dire ?galement dans certains cas la plo?die moyenne de la tumeur et/ou le pourcentage de contamination de la tumeur par de l'ADN constitutionnel. Ces algorithmes n'incluent g?n?ralement pas d'options pour la visualisation des CNVs et des cn-LOH par groupes d'?chantillons permettant d'identifier les ?v?nements r?currents. D'autres outils ont ?t? d?velopp?s pour la visualisation simultan?e des CNVs dans diff?rents ?chantillons individuels ou group?s mais ne repr?sentent les aberrations chromosomiques que de mani?re relative (gain ou perte), conduisant ? une perte d'information.

aCNViewer (https://github.com/FJD-CEPH/aCNViewer) est un logiciel de visualisation d?velopp? r?cemment ? la Fondation Jean Dausset - CEPH par le laboratoire de Bio-informatique (Victor Renault) et de G?nomique (Alexandre How-Kit) permettant la repr?sentation pang?nomique du nombre absolu des CNVs (gain ou perte du nombre pr?cis de chromosomes) et des cn-LOH dans des groupes d'?chantillons permettant l'identification d'?v?nements r?currents (article soumis). Il inclut tout un pipeline bio-informatique de traitement des donn?es brutes qui s'appuie sur le nombre absolu des CNVs et des cn-LOH identifi? avec les algorithmes ASCAT et Sequenza pouvant traiter respectivement des donn?es de SNPs ou des s?quences NGS. Les r?sultats d'ASCAT et de Sequenza sont ensuite convertis par aCNViewer en une matrice de CNVs et de cn-LOH selon une longueur de segment choisie qui donne la r?solution de la repr?sentation et utilis?e pour la production de dendrogrammes, de heatmaps bi-dimensionnels et d'histogrammes de fr?quence des CNVs et des cn-LOH dans un groupe d'?chantillons tout en pr?servant l'information quantitative des CNVs, permettant ainsi l'identification d'?v?nements r?currents pr?cis.

Le stage de Master 2 (6 mois) propos? vise ? r?-analyser avec aCNViewer un ensemble de donn?es de g?notypage et de s?quen?age haut-d?bit de diff?rents types de cancers pr?sentes dans des bases de donn?es publiques (ICGC, TCGA.) afin d'identifier les aberrations chromosomiques r?currentes tout en pr?servant l'information de la quantification absolue des CNVs qui ?tait absente des ?tudes pr?c?dentes. Cette r?-analyse conservative et pr?cise des aberrations chromosomiques pourrait ainsi permettre d'identifier de nouveaux ?v?nements r?currents dans les diff?rents types de cancers ?tudi?s qui pourraient s'av?rer important pour la stratification mol?culaire des tumeurs ou pour la compr?hension du d?veloppement de la maladie. Il est pr?vu que ce projet d?bouche sur une publication d'un article scientifique auquel le stagiaire sera associ? ? hauteur de sa contribution.

Locations

Paris, France

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